W kwietniu 1999r. "Gazeta Wyborcza" zamieściła list do rektora Uniwersytetu Opolskiego , zarzucając Dariuszowi Ratajczakowi poglądy rewizjonistyczne i na tej podstawie zażądała jego usunięcia z uczelni. Nazajutrz rektor Stanisław Nicieja zawiesił swego pracownika w pełnieniu obowiązków. W maju 1999r. wpłynął do Sądu Rejonowego w Oplu akt oskarżenia o to, że dr Ratajczak "publicznie i wbrew faktom zaprzeczał zbrodniom nazistowskim w okresie II wojny światowej na osobach narodowości żydowskiej". W kwietniu 2000r. otrzymał zwolnienie dyscyplinarne z Uniwersytetu Opolskiego wraz z zakazem pracy w zawodzie nauczycielskim na okres trzech lat.
Dr Ratajczak został okrzyknięty przez "Gazetę Wyborczą" kłamcą oświęcimskim. Na łamach tego dziennika "profesor" Bartoszewski wysyłał go na leczenie psychiatryczne (skąd my to znamy?), dezawuując jego kwalifikacje jako historyka i wykładowcy akademickiego. Prof. Andrzej Zoll powiedział, że "kara, jaka go spotkała, to zdrowy objaw społeczny". Po otrzymaniu wilczego biletu z uczelni doktor historii imał się różnych prac dorywczych, pracując m.in. jako portier. W czasie wolnym pisał interesujące artykuły w czasopismach prawicowych. Jeden z jego przyjaciół wspomina to tak:
"Doktor Ratajczak popełnił błąd, nie komentując streszczenia, którego dokonał, co stało się pretekstem do przyparcia na niego ataku. Atak był bezwzględny i brutalny. Darek został wyrzucony dyscyplinarnie z uniwersytetu, otrzymał zakaz nauczania na wszystkich szczeblach, a jego sprawą zajęły się prokuratura i sąd. Mijały miesiące, a potem lata - nie mógł znaleźć pracy, był napiętnowany jako ten, który uważa, że w Oświęcimiu nie było komór gazowych. Doktora nauk historycznych, człowieka wykształconego, komunikatywnego, mającego w sobie dużo życiowego entuzjazmu nie chciano nigdzie zatrudnić.
Najgorsze, że nikt, kto go znał, nie był mu w stanie pomóc. To jest najgorsze, bo nawet dziś publiczne wypowiadanie się o nim z sympatią ściąga na ludzi odium - uznawani są oni za przyjaciół negacjonisty i antysemity. Bardzo mi go szkoda. Uważam, że jego historia dowodzi, iż żyjemy w państwie, w którym w majestacie prawa można zniszczyć człowieka za przekonania. A on wierzył w wolność słowa w niepodległej Polsce i w sprawiedliwość."
Sam Ratajczak tak mówi o sobie i swym życiu w lutym 2006r.:
"Żona jest młodsza ode mnie. Na początku całej tej zadymy była przy mnie, potem coraz bardziej się oddalała. Ja zostałem okrzyknięty kłamcą oświęcimskim, a z takim piętnem trudno żyć. Nawet mnie samemu."
Dalej opowiada:
"Mój syn poszedł swego czasu w marszu żywych w Oświęcimiu. I traf chciał - w przypadki jednak nie wierzę - że dziennikarka lokalnej "Gazety Wyborczej" podeszła do niego i zapytała, czy jest synem tego znanego słynnego kłamcy oświęcimskiego. Syn odparł, że jest, a przede wszystkim, że dumny jest z ojca. Lecz cóż się potem ukazało w gazecie? Otóż zdjęcie z podpisem, że syn Ratajczaka uczestniczył w marszu, gdy tymczasem jego ojciec zaprzecza istnieniu Auschwitz - Birkenau! Istnienie obozu!!! No, ręce opadają..."
